アルカリイオン水の原液の廃水の場合は、中和して廃棄します。

アルカリ性水分の下水道への廃水基準は法律で決まっていてpH8.6と決められています。
クエン酸でも簡単に中和できますので、廃棄も比較的容易です。
pH値が低い場合には、水で希釈することでpH値を下げることも可能です。